牛顿不是晚年才研究神学 ，而是一直以来都是神学与科学研究并行研究的 。牛顿反对将宇宙解释为一部纯粹的机器 ，譬如一座大钟 。他说：“引力解释了行星的运动，但却不能解释谁让行星运动起来的。上帝统治万物 ，知晓所有做过和能做的事 。 ”
牛顿在《圣经》与早期教会父老上的研究也值得注意 。牛顿写作了一些圣经批判的作品 ，最著名的就是《两处著名圣经讹误的历史变迁》。牛顿还摆放了一座与传说日期公元33年4月3日相符的耶稣·基督受难像 。他亦尝试，但未成功地 ，去寻找《圣经》中隐藏的消息 。
牛顿可能拒绝了教会的三位一体教义。在少数的观点里 ，T·C·普菲岑迈尔认为他更像是持有东方东正教三位一体观，而不是西方天主教、圣公宗和大部分新教教派的观点 。在他的时代里 ，牛顿被指是玫瑰十字会的会员 。
在他的一生中 ，牛顿写作了比自然科学更多的宗教学著述。他相信一个理性的主观世界，但他却拒绝莱布尼茨和巴鲁赫·斯宾诺莎深信的万物有生论。因此，有序且动态的宇宙可以被理解 ，而且必须以主动的理性去理解 ，但是这个完美且注定中的宇宙，必须有规律地运行 。
牛顿坚持认为 ，由于不稳定性的累积和缓慢增长 ，必须有神的不断干预来改良宇宙这个系统 。为此，莱布尼茨讽刺牛顿说：“神必须时不时地给他造的钟上发条 ，否则这个钟就会停摆。看起来 ，他没有能力让这个钟永远行 。 ”这也是与莱布尼茨之间矛盾的一个原因 。
牛顿一直以来都是视上帝为造物者，因此认为在面对着所有生物之宏伟时 ，他的存在便是不容否认的。但他的上帝观产生了无法预见的神学结果 ，如同莱布尼茨指出的那样，上帝现在已经完全地从世界事务中隐退了：对干涉的需要只会证明上帝作品中的一些瑕疵 ，而这对一个完美且全能的造物主来说是不可能的事 。但是牛顿学说的思想对思想界产生具有深远的影响 。与后来启蒙运动斗争了很长一段时间。
人们常说“苹果砸到牛顿的头上 ，人类社会就开始变得不一样了 。”这句话不仅是对牛顿贡献的肯定，更是对科学的赞赏，那么至于牛顿为何晚年如此痴迷神学呢？我认为可以从以下几方面回答 。
首先看牛顿的出身 ，牛顿幼年丧父 ，母亲改嫁后也没有带走他，导致他很小就要开始自己谋生活 ，但是他舅舅还是不错的 ，把牛顿送到了剑桥大学，让他开启了开挂的一生 ，但有一点值得注意 ，牛顿的舅舅是当时很有名的一个神父，他把牛顿送到剑桥 ，那牛顿或多或少的都会受到影响 ，或者是当时年轻气盛有反抗精神，但到了晚年自然也就无力去辩驳了。
再者 ，纵观牛顿的发展史不难发现 ，他大多数的科学成就都是在前半生完成的，后半生即也在很认真的去做研究，但没有什么拿得出手的成绩肯定会让他感觉不爽 ，或许他是在科学无果一气之下去选择研究神学 ，探索这玩意儿到底在哪些方面比科学厉害，结果一眼就就痴迷了也不是没有可能 。
最后看当时的大环境 ，十五六世纪的欧洲还是处于教皇的统治之下 ，上帝至高无上的权威对很多人来说都是根深蒂固的，就好比在宋朝的时候你让包拯起兵造反一样 ，这是不可能的 ，牛顿到了晚年，收到各方势力的游说 ，在加上从小就被刻在脑子里的教会思想 ，自然而然的就会去研究神学，正所谓 ，江山易改本性难移 ，牛顿这个伟大的科学家也难逃时代的洗刷 。
当然上面只是我的个人观点，对于牛顿创造的物理知识我还是非常佩服的。
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希望本篇文章《牛顿晚年为什么要研究神学？》能对你有所帮助！
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